Außerhalb von WSUSoffline halte ich Windows Update deaktiviert. Das wird auch korrekt vom Skript zurückgesetzt, aber es vergisst anscheinend, den Dienst auch zu beenden. Ich vermute, das ist ein Bug.
Bin mir nicht sicher, ob das ein Bug ist oder nicht. In jedem Fall kannst du wsusoffline\client\cmd\custom\FinalizationHook.cmd (umbenennen von .cmdt) benutzen, um dein Ziel zu erreichen, den Dienst wieder zu deaktivieren, z.B. so: