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Veracrypt mit Boot-/System-Verschlüsselung kann in der Tat Probleme verursachen. Besonders, wenn Windows seinen Boot Manager updaten möchte, den wegen der Verschlüsselung aber nicht findet. Diese Art Probleme sind auch schon vom Vorgänger Truecrypt bekannt.

Vielleicht mal im Veracrypt-Support anfragen: https://sourceforge.net/p/veracrypt/discussion/

https://www.idrix.fr/Root/content/category/7/32/46/